Pozdrawiając uczestników uroczystości, abp Stanisław Dziwisz zwrócił uwagę na fakt, że „11 stycznia jest dniem dziękczynnego przypomnienia początków Papieskiej Akademii Teologicznej. Jako spadkobierczyni Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, jakby zakorzenia się ona w tym Wydziale, który na prośbę św. królowej Jadwigi 609 lat temu erygował papież Bonifacy IX na uniwersytecie krakowskim. Natomiast świętem narodzin naszej Uczelni jest 8 grudnia, bowiem w 1981 r. właśnie w uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny Ojciec Święty Jan Paweł II powołał do życia Papieską Akademię Teologiczną”.
W kazaniu wygłoszonym podczas Mszy św. jubileuszowej ks. prof. Władysław Zuziak - dziekan Wydziału Filozoficznego PAT podkreślał wielki wkład Jana Pawła II w powstanie Uczelni: „Trudno przecenić zasługi Jana Pawła II dla nowo powstałej uczelni. Nie ograniczyły się one do wydania dokumentu erygującego. Przez wszystkie lata Uczelnia korzystała z pomocy swojego Założyciela. Podczas licznych spotkań ze środowiskiem akademickim Ojciec Święty wskazywał miejsce i rolę PAT-u w służbie Kościołowi i Ojczyźnie”.
Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie wywodzi się z najstarszej polskiej uczelni - Uniwersytetu Jagiellońskiego.
12 maja 1364 r. król Kazimierz Wielki powołał w Krakowie do życia Studium Generale, które zostało zatwierdzone przez papieża Urbana V. Nie posiadało ono jednak wydziału teologicznego. Dopiero na prośbę królowej Jadwigi i jej małżonka Władysława Jagiełły ówczesny papież Bonifacy IX, 11 stycznia 1397 r. wydał bullę Eximiae devotionis affectus erygującą Wydział Teologii w Krakowie. Wydział zawsze cieszył się wielką popularnością, posiadając wybitnych profesorów, z których grona wywodziło się wielu rektorów UJ, i dużą liczbę studentów zarówno w dawnej Rzeczypospolitej, jak i po okresie rozbiorów. Podczas okupacji wielu profesorów Wydziału było więzionych przez hitlerowców w obozach koncentracyjnych. Mimo tego, prowadzono tajne nauczanie. Po wojnie, w 1954 r., jednostronną uchwałą Rady Ministrów usunięto Wydział Teologiczny z Uniwersytetu Jagiellońskiego. W 1959 r. Stolica Apostolska wydała dekret stwierdzający, że „Wydział Teologiczny zgodnie z jego ustanowieniem i charakterem trwa pod kierownictwem jednej władzy kościelnej i na przyszłość ma się kształtować wedle praw ustanowionych przez Stolicę Apostolską”. Dzięki staraniom kard. Karola Wojtyły w 1974 r. Wydziałowi został przyznany zaszczytny tytuł - Papieski. Przełomowym wydarzeniem w dziejach Wydziału Teologicznego w Krakowie było wydanie przez Ojca Świętego Jana Pawła II 8 grudnia 1981 r. motu proprio - Beata Hedvigis, na mocy którego ustanowiona została Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie.
Obchodom jubileuszu 25. rocznicy powstania PAT będą przez cały rok towarzyszyć otwarte wykłady, konferencje, sesje, sympozja, koncerty i nabożeństwa.