Zakon Franciszkanów w Kłodzku pojawił się dość wcześnie, już w 1248 r. odnotowano jego obecność w mieście. Franciszkanie otrzymali parcelę na Wyspie Piaskowej - pomiędzy Nysą a Młynówką, nieopodal kamiennego mostu, gdzie - jak podają źródła- wznieśli dwa lata później kościół pw. Naszej Miłej Pani na Piasku. W średniowiecznych dokumentach z tego okresu zachowały się także inne informacje dotyczące m.in. konsekracji kaplicy franciszkańskiej, która miała miejsce w 1257 r. Istnieją również przekazy z lat 1264-
-72, w których wzmiankowany jest już istniejący kościół oraz są przytaczane akty donacyjne na rzecz świątyni - w tym dotyczące fundacji trzech ołtarzy.
Abyśmy mogli właściwie ocenić fenomen zakonu oraz mozolną, często syzyfową pracę wykonywaną na rzecz mieszkańców miasta przez każdego ze współbraci, należy się kilka słów, które rzucą właściwe światło na to zgromadzenie.
Ubóstwo inspirowało w znacznym zakresie cały ruch reformatorski rozpoczęty w obrębie Kościoła już w XI wieku i ta idea w ujęciu ewangelicznym stała się celem św. Franciszka z Asyżu dwa stulecia później. W początkach trzynastego stulecia pod wpływem wielu wewnętrznych przeżyć podjął życie pokutne - opiekował się chorymi i biednymi, wędrując naprawiał zniszczone świątynie. Powróciwszy do Asyżu, zamieszkał przy zrujnowanym kościele Matki Boskiej Anielskiej i tam rozpoczął nauczanie. Szybko znalazł naśladowców, czyniąc z nich uczniów, którym wskazywał, by według Ewangelii stawali się mniejszymi (łac. minores), jeżeli chcą być większymi w królestwie niebieskim. Stąd późniejsze określenie Bracia Mniejsi (Fratres Minores). Naśladując Chrystusa, rozsyłał uczniów, by nauczali, przykazując im, by nie zabierali ze sobą nic na drogę.
Powołanie franciszkańskie już od czasu powstania pierwszej wspólnoty określone było na płaszczyźnie dwóch wiodących, często równoległych celów, które „niczym dwie wyprostowane nogi, mocno wspierały się na ziemskim padole”. Pierwszy z nich kładł nacisk na doskonalenie własnej postawy poprzez radykalne odcięcie się od szeroko rozumianego materializmu i poświęceniu się Bogu, dzięki czemu każdy ze współbraci stawał się prawdziwym znakiem wiary i przykładem dla ludzi z każdej warstwy społeczeństwa. Drugi cel - w korelacji z pierwszym sprowadzał się do prowadzenia szeroko zakrojonych misji w społecznościach miejskich. Szybki rozwój zgromadzenia prowadził do praktycznych przemian w obrębie pierwszej fundamentalnej cechy, czego wynikiem było przejęcie wzorca znanego z innych zakonów monastycznych sprowadzającego się do wyrzeczenia się prywatnej własności na rzecz klasztoru, zaś idea szerzenia wiary - przede wszystkim w miastach pozostała niezmienna.