Trudno jest dokładnie odpowiedzieć na pytanie, jakim zbiorem ksiąg natchnionych posługiwali się Żydzi w czasach Jezusa, gdyż oficjalny kanon żydowski ustalono dopiero ok. 90 r. po Chr. Możliwe, że Żydzi współcześni Jezusowi posługiwali się dwoma różniącymi się nieco zbiorami ksiąg. Pierwszy z nich, zwany palestyńskim, składał się z pism wyłącznie w języku hebrajskim i aramejskim i liczył 39 ksiąg. Drugi, zwany aleksandryjskim był przyjmowany przez Żydów poza granicami Palestyny i zawierał także księgi przetłumaczone na grekę lub powstałe w tym języku. Drugim kanonem posługiwali się Żydzi nie znający języka hebrajskiego i aramejskiego. Był on dłuższy od palestyńskiego i zawierał księgi deuterokanoniczne Starego Testamentu. Grecki Stary Testament to tzw. Septuaginta czyli przekład „Siedemdziesięciu” (tradycyjna liczba tłumaczy Biblii hebrajskiej na grekę).
Pierwotne chrześcijaństwo, które bardzo szybko rozpowszechniało się wśród Greków, posługiwało się zbiorem ksiąg w języku greckim. Kiedy apostołowie pisali księgi Nowego Testamentu, również posługiwali się Septuagintą. Na 350 cytatów starotestamentowych w Nowym Testamencie, ok. 300 pochodzi z Septuaginty, nawet jeśli tekst grecki różni się od hebrajskiego oryginału. Natchnieni autorzy Nowego Testamentu posługiwali się także księgami deuterokanonicznymi (por. Mdr 15, 7 i Rz 9, 21; 2 Mch 7, 8-9 i Hbr 11, 35b). Stąd wnioskujemy, że apostołowie uważali za natchnione również księgi deuterokanoniczne Starego Testamentu.
Dyskusje nad kanonem Starego Testamentu rozpoczęły się dopiero w II w. po Chr., gdy chrześcijaństwo wyraźnie oderwało się od judaizmu. Wtedy okazało się, że Żydzi i chrześcijanie używają dwóch różnych kanonów Starego Testamentu. Dyskusja nad księgami deuterokanonicznymi trwała do końca IV w. Ostatecznie kanon 46 ksiąg Starego Testamentu został zatwierdzony na synodach w Hipponie (393 r.) i Kartaginie (397 i 419 r.) oraz przez papieża Innocentego I w 405 r. Uroczyście uczynił to Sobór Trydencki w 1546 r.