Sprzeciw sumienia jest integralnym elementem wolności sumienia gwarantowanej zarówno przez art. 53 ust. 1 Konstytucji, jak i liczne umowy międzynarodowe wiążące Polskę, w tym art. 9 Europejskiej Konwencji Praw Człowieka, art. 18 Międzynarodowego Paktu Praw Obywatelskich i Politycznych z 1966 r. i art. 10 Karty Praw Podstawowych UE. Trybunał Konstytucyjny w wyroku z 7 października 2015 r., K 12/14, przypomniał, że „wolność sumienia musi bowiem przejawiać się także w możliwości odmowy wykonania obowiązku nałożonego zgodnie z prawem z powołaniem się na przekonania naukowe, religijne lub moralne” oraz że „wolność sumienia – w tym ten jej element, którym jest sprzeciw sumienia – musi być więc respektowana niezależnie od tego, czy istnieją przepisy ustawowe ją potwierdzające”.

Prawo do sprzeciwu sumienia polega zatem na odmowie wykonania obowiązku – czyli konkretnego czynu, działania lub innego zachowania – wynikającego z przepisów prawa ze względu na racjonalnie uzasadniony osąd moralny, który kwalifikuje wykonanie tegoż obowiązku jako etycznie niegodziwe. Sprzeciw sumienia dotyczy zawsze czynu, a nigdy cech osoby domagającej się jego popełnienia (dlatego z definicji nie stanowi dyskryminacji). W konsekwencji, odmowa podjęcia określonego działania (zachowania) będzie przejawem korzystania z prawa do sprzeciwu sumienia, tylko jeśli będzie uzasadniona określoną racją etyczną: moralną, religijną lub filozoficzną.

Trybunał Konstytucyjny we wspomnianym wyroku z 2015 r. zwrócił również uwagę, że „konstytucyjna gwarancja wolności sumienia chroni bowiem jednostkę nie tylko przed przymusem podjęcia bezpośredniego zamachu na chronione dobro, lecz także przed takim postępowaniem niezgodnym z sumieniem jednostki, które pośrednio prowadzi do nieakceptowalnego etycznie skutku, w szczególności przed przymusem współdziałania w osiąganiu celu niegodziwego”. Oznacza to, że – przykładowo – ze względu na sprzeciw sumienia można odmówić nie tylko przeprowadzenia aborcji, ale także uchylić się od wszelkich zachowań, które mogą – choćby potencjalnie – przyczynić się do śmierci dziecka poczętego, np. odmówić wypisania recepty na środki antykoncepcyjne albo ich sprzedaży.

W konsekwencji, lekarz powołujący się na uniwersalne zasady etyczne albo normy prawa naturalnego, które zabraniają udziału w czynach mających na celu lub wywołujących skutek w postaci pozbawienia życia niewinnego człowieka, może odmówić udziału zarówno w aborcji, jak i wypisania recepty na środki mogące działać wczesnoporonnie. Mowa o substancjach, które mogą choćby potencjalnie doprowadzić do śmierci człowieka w pierwszych dniach jego życia po poczęciu lub mają być przepisane w celu niedopuszczenia do jego implantacji w macicy. U podstaw sprzeciwu sumienia lekarza może znajdować się także racja etyczna motywowana religijnie – wyłącznie albo wespół z przesłankami etycznymi lub filozoficznymi – np. stosowanie środków antykoncepcyjnych jest niezgodne z nauczaniem Kościoła Katolickiego. Natomiast odmowa wypisania recepty na środki antykoncepcyjne lub wczesnoporonne motywowana w inny sposób, np. nadmiarem obowiązków biurokratycznych, sprzeciwem sumienia już nie jest.

Zawarta w art. 39 w zw. z art. 30 ustawy z 5 grudnia 1996 r. o zawodach lekarza i lekarza dentysty klauzula sumienia określa sposób postępowania lekarza w przypadku powołania się na sprzeciw sumienia. Zgodnie z nią lekarz ma prawo powstrzymać się od wykonania świadczenia zdrowotnego niezgodnego z jego sumieniem, chyba że zwłoka w jego udzieleniu mogłaby spowodować niebezpieczeństwo utraty życia, ciężkiego uszkodzenia ciała lub ciężkiego rozstroju zdrowia. Odmowa wypisania recepty na środki antykoncepcyjne lub wczesnoporonne z pewnością nie pociąga za sobą tego typu ryzyka. Co istotne, lekarz powstrzymujący się od wykonania świadczenia zdrowotnego niezgodnego z jego sumieniem nie ma obowiązku wskazania realnych możliwości uzyskania takiego świadczenia u innego lekarza lub w innym podmiocie leczniczym, ponieważ norma prawna nakładająca taki obowiązek została przez Trybunał Konstytucyjny w 2015 r. uznana za niezgodną z Konstytucją i przestała obowiązywać. Lekarz powołujący się na sprzeciw sumienia ma za to obowiązek odnotować i uzasadnić ten fakt w dokumentacji medycznej pacjenta. Uzasadnienie nie musi być obszerne, a jedynie wskazywać, że przyczyną odmowy był sprzeciw sumienia. Żaden przepis prawa nie wymaga natomiast, aby lekarz poinformował pacjenta na piśmie, że odmówił świadczenia ze względu na sprzeciw sumienia. Ponadto, lekarz wykonujący swój zawód na podstawie stosunku pracy lub w ramach służby ma obowiązek uprzedniego powiadomienia na piśmie przełożonego. Co ważne, niespełnienie tego obowiązku nie uniemożliwia lekarzowi powołania się na sprzeciw sumienia. Oprócz tego, zgodnie z art. 4 ustawy o zawodach lekarza i lekarza dentysty oraz art. 4 Kodeksu Etyki Lekarskiej, do ustawowych obowiązków lekarza należy postępowanie w zgodzie z własnym sumieniem, co jest dodatkową gwarancją jego konstytucyjnego prawa do sprzeciwu sumienia.

„Nie ulega wątpliwości, że prawo do sprzeciwu sumienia jest konstytucyjnym prawem każdego lekarza, co kilkukrotnie potwierdził Trybunał Konstytucyjny. Natomiast w aktualnym ustawodawstwie próżno szukać przepisu, który nakazywałby lekarzowi wypisanie recepty na środki antykoncepcyjne lub wczesnoporonne. Taki przepis nie został sformułowany wprost, jak też nakaz taki nie wynika z przepisów określających obowiązki lekarzy. Do ustawowych obowiązków lekarza należy przede wszystkim udzielanie pomocy lekarskiej, czyli świadczeń zdrowotnych o celach leczniczych, a więc służących zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu lub poprawie zdrowia. Antykoncepcja tym celom nie służy” – podkreśla dr Marcin Olszówka, Dyrektor Centrum Analiz Legislacyjnych Ordo Iuris.