Do wewnętrznych problemów Kościoła greckokatolickiego należała ciągnąca się od XVII w. sprawa latynizacji obrządku, czyli przejmowania z obrządku łacińskiego pewnych elementów do nabożeństw, duszpasterstwa, jak np. kultu Najświętszego Sakramentu w postaci święta Bożego Ciała, kultu Najświętszego Serca Pana Jezusa. Próbę uporządkowania obrządku podjęto na prowincjalnym synodzie w 1891 r. W tej sprawie ścierały się ze sobą dwa poglądy: zwolennicy kierunku wschodniego domagali się oczyszczenia obrządku z latynizmów, a ich przeciwnicy obstawali za dopuszczalnością korzystania w duszpasterstwie ze wzorów łacińskich celem ożywienia życia religijnego wiernych. Linia podziału przebiegła nawet przez episkopat, ale zwolenników czystości obrządku było więcej. Praktyki religijne wiernych, poza niektórymi formami, były prawie takie same, jak w obrządku łacińskim.

Stosunek polskich władz państwowych do Kościoła greckokatolickiego mieścił się w postanowieniach konkordatu ze Stolicą Apostolską z 1925 r., ale był nieufny z obawy o zbytnie zaangażowanie części duchowieństwa w wybujałą działalność nacjonalistyczną. Odmowa rządu polskiego utworzenia we Lwowie ukraińskiego uniwersytetu zwiększyła wcześniejsze rozgoryczenie. Przeprowadzona przez władze państwowe w 1930 r. pacyfikacja w różnych miejscowościach Małopolski wschodniej, w odpowiedzi na akty sabotażu ze strony ukraińskiej, zwiększyła rozgoryczenie wśród Ukraińców, toteż sprawowanie władzy przez Polskę na tamtym terenie wielu Ukraińców traktowało jako okupację.

Wskutek tego pokonanie Polski przez Niemców we wrześniu 1939 r. i objęcie przez nich władzy Ukraińcy przyjęli radośnie w przekonaniu, że przy ich poparciu dojdzie do ustanowienia niezależnej Ukrainy. Nadzieje te wzrosły w 1941 r. po początkowych zwycięstwach Niemiec w wojnie sowieckiej (1941-1945) i ucieczce władz sowieckich. W szaleńczych planach Hitlera nie było jednak miejsca na odgrywanie jakiejkolwiek roli, przez którykolwiek naród słowiański, co wywołało kolejne rozczarowanie w społeczeństwie ukraińskim. W sumie jednak władze niemieckie faworyzowały Ukraińców w porównaniu z Polakami. W miejscowościach o mieszanej ludności władzę na niższych szczeblach administracji z reguły oddawano Ukraińcom. Funkcjonowały np. ukraińskie szkoły średnie niedostępne dla Polaków. Istniały formacje ukraińskiej policji. W 1943 r. zorganizowano Dywizje SS Hałyczyna, która wzięła udział w walkach po stronie niemieckiej na froncie wschodnim. Z drugiej strony miały miejsce represje Niemców wobec Ukraińców; wywożono ich na roboty do Niemiec, a pod koniec wojny zdarzały się nawet ich walki z Niemcami.

W wyniku najazdu Związku Radzieckiego na Polskę we wrześniu 1939 r. zajął on jej wschodnie tereny (ok. 200 tys. km2,), na których wprowadzono sowieckie porządki. Wobec Kościoła greckokatolickiego zastosowano surowsze represje. Utracono majątki ziemskie, biblioteki, szkoły utrzymywane przez Kościół, wydawnictwa i drukarnie, zamknięto niektóre cerkwie, klasztory i domy zakonne, zakonników i siostry zakonne rozproszono. Likwidacji uległy wszystkie organizacje kościelne. Rozpoczęło się wywożenie ludności (łącznie ponad 400 tys.), oprócz Polaków także Ukraińców, a wśród nich 41 księży greckokatolickich, 34 innych zamordowano (Tygodnik Powszechny, nr 25/2001). Na kościoły nałożono wysokie podatki. Jednakże nie zastosowano w całej rozciągłości praw antykościelnych ani wobec Kościoła greckokatolickiego, ani łacińskiego w okresie I okupacji od września 1939 do czerwca 1941 r. Mimo rozciągnięcia na abp. Szeptyckiego obserwacji w 1940 r. (wrzesień) i 1941 r. (maj), mianowani przez niego dla terenów Związku Radzieckiego egzarchowie odbyli synody. Również i po powrocie władz radzieckich w 1944 r., w wyniku klęski Niemiec na froncie wschodnim, nie od razu przystąpiono do likwidacji Kościoła greckokatolickiego. Nie zastosowano represji wobec metropolity abp. Szeptyckiego, który zmarł 1 listopada 1944 r. Wspaniały jego pogrzeb odprawiony w początkach listopada był ostatnim publicznym wystąpieniem Kościoła greckokatolickiego. Jego następcą został w tajemnicy mianowany i wyświęcony już w 1939 r. ks. Józef Slipy, najbliższy współpracownik. W planach nowych władz nie było miejsca na Kościół greckokatolicki w granicach imperium sowieckiego. Był on traktowany jako jeden z głównych wrogów ustroju sowieckiego. W 1945 r. patriarcha moskiewski Aleksy I, wybrany w 1943 r., w liście do grekokatolikow wyraził przekonanie, że powrócą do jedności z prawosławiem. Do przygotowania tego powrotu zabrało się NKWD. 11 kwietnia 1945 r. aresztowano abp. Slipego i pozostałych 4 innych biskupów: jego sufragana Nikitę Budkę (1877-1949), drugi biskup pomocniczy Iwan Buczko znajdował się wtedy na Zachodzie, skąd już nie wrócił (zm. 1974 r.); biskupa stanisławowskiego Chomyszyna (1867-1948) i jego biskupa pomocniczego Joana Batyszewskiego (1879-1957), biskupa Mikołaja Czarneckiego wizytatora apostolskiego neounitów (+1959). Na terenie Polski przebywali dwaj biskupi przemyscy: ordynariusz od 1917 r. Jozafat Kocyłowski (1876-1947) i biskup pomocniczy od 1926 r. Grzegorz Łakota (1883-1950). Biskup Kocyłowski był aresztowany dwukrotnie. Pierwszy raz we wrześniu 1945 r. i osadzony w więzieniu w Rzeszowie - i choć był obywatelem polskim, w styczniu 1946 r. został przekazany władzom sowieckim, które po kilku dniach przetrzymania zwolniły go i odwiozły do Przemyśla. Ponownie został aresztowany 26 czerwca 1946 r. i przewieziony do więzienia we Lwowie, a następnie do łagru.

Wszystkich biskupów oskarżono o działalność antypaństwową i skazano na z reguły wieloletni pobyt w łagrze na roboty. Biskupi Kocyłowski i Chomyszyn, najstarsi, zmarli wkrótce w trakcie odbywania kary w 1947 i 1948 r. Biskup Budka i Łakota także zmarli w trakcie odbywania kary w 1949 i 1950 r. Biskupi Batyszewski i Czarnecki pod odbyciu kary zostali zwolnieni, ale wkrótce zmarli z wycieńczenia w 1957 i 1959 r.

Jedynie arcybiskup metropolita Slipy był trzykrotnie aresztowany, bo po wykonaniu pierwszej 8-letniej kary w łagrze został zwolniony, ale ponieważ odmówił przejścia na prawosławie i zaczął spełniać funkcje metropolity został ponownie aresztowany, a później kolejno. W 1963 r. na interwencje papieża Jana XXIII został zwolniony i przybył do Rzymu, gdzie w 1965 r. został mianowany kardynałem ( +1984 w 95. roku życia).

cdn.)