Pierwotna nazwa miejscowości brzmiała: Czahy, a od 1505 r., kiedy została nadana Jakubowi Karwatowi, była nazywana: Karwatowo. W 1508 r. posiadał ją dworzanin królewski i horodniczy miński Jacko Ratomski h. Kościesza, a później Jan (Iwaszko) Semenowicz Sapieha (zm. 04.12.1517), marszałek hospodarski (1504-1517). W 1512 r. odstąpił on Czaje Leonardowi (Lenartowi) Kosińskiemu h. Rawicz (zm. przed 1537) z Lisowa, dworzaninowi królowej Bony i podstarościemu brańskiemu (1520). Kolejnymi właścicielami wsi były rodziny: Sobolewskich (1642), Godlewskich (1676), Niemirów (1717), Ossolińskich (1733), Ciecierskich (od 1806) i hrabiów Załuskich (1848). W 1863 r. władze carskie skonfiskowały Czaje Henrykowi hr. Załuskiemu, synowi hr. Ludwika (1804-1856) za jego udział w Powstaniu Styczniowym.
Projekt budowy kaplicy dojazdowej w Czajach zrodził się w latach pięćdziesiątych XX w., ale władze komunistyczne nie pozwalały na budowę filialnej świątyni w parafii Pobikry. Po wielu próbach pierwsza Msza św. została odprawiona 20 października 1957 r. w prywatnym mieszkaniu Mariana Uszyńskiego (1912-2003), które zostało zaadaptowane na tymczasową kaplicę. Jednak po trzech latach, w 1960 r., władze powiatowe zabroniły odprawiania Mszy św. Dopiero 30 grudnia 1978 r. Urząd Wojewódzki w Łomży pozwolił na budowę kaplicy w Czajach. Uroczystość wmurowania i poświęcenia kamienia węgielnego odbyła się 22 listopada 1981 r. pod przewodnictwem bp. Władysława Jędruszuka (1918-1994), administratora apostolskiego diecezji pińskiej (1967-1991).
W czasie trwania budowy ks. Józef Gałda (1913-1987), proboszcz parafii pobikrowskiej (1977-1985), w dniu 8 listopada 1980 r. zawarł umowę ze Stanisławem Tryniszewskim (ur. 1938) ze wsi Czaje Dwór w sprawie udostępnienia jego prywatnego domu na cele kultowe do czasu zakończenia inwestycji.
Kaplica w Czajach pw. Matki Bożej Miłosierdzia została zaprojektowana przez architekta Zdzisława Bubińca z Białegostoku, a jej wnętrze - przez artystę plastyka Grzegorza Łosia z Supraśla. Pracami budowlanymi - w imieniu proboszcza parafii Pobikry - kierował ks. Jerzy Olszewski, ówczesny wikariusz pobikrowski (1980-1983). Kaplica dojazdowa w Czajach została poświęcona 19 sierpnia 1984 r. przez bp. Władysława Jędruszuka. Rok później, 14 października 1985 r. tenże administrator apostolski piński erygował tutaj samodzielny rektorat wydzielony z parafii Pobikry. Pierwszym rektorem został mianowany ks. Mieczysław Baranowski (1985-1987).
Plebania znajduje się w podpiwniczeniu kościoła w Czajach.

Porządek Mszy św.:
- niedziele i święta:
- kościół rektoralny: 9.00, 11.30
- święta nie będące dniami wolnymi od pracy:
- kościół rektoralny: 11.30, 18.00
Odpusty w parafii: św. Wojciecha, Matki Bożej Ostrobramskiej
Księgi metrykalne:
Księgi Chrztów: od 1986 r.
Księgi Małżeństw: od 1986 r.
Księgi Zmarłych: od 1986 r.