Prus wypowiadał się też na temat poszczególnych praktyk religijnych. Przede wszystkim dostrzegał szczególną wartość uczestnictwa we Mszy św., które według niego człowieka wewnętrznie wycisza, umacnia duchowo i daje natchnienie do dobrych czynów. Stąd też ludzie, których Prus w swoich utworach beletrystycznych ukazywał jako uczciwych i dobrych, systematycznie i pobożnie uczestniczyli, najczęściej całymi rodzinami, we Mszy św. Natomiast ludzie zakłamani (np. feministki) uczestniczyli we Mszy św. tylko ze względu na opinię ludzką.
Prus doceniał także wychowawcze znaczenie sakramentu pojednania. Spowiedź w jego literackim opisie przynosiła ulgę człowiekowi załamanemu i pozwalała powstać mu z grzechów. Miała także pozytywne reperkusje społeczne, czego dowodem były przypadki zwracania przez złodziei-penitentów, za pośrednictwem spowiedników, skradzionych przez nich pieniędzy. W 1884 r. pisał: „Od niejakiego czasu zdarzają się liczne wypadki, że osobom okradzionym spowiednicy żałujących za grzechy penitentów odnoszą skradzione kwoty, niekiedy dochodzące do kilka tysięcy rubli. Dowodzi to, że religia i duchowieństwo z korzyścią do ogółu pełnią swoje obowiązki”. W pewnej wsi w Kieleckiem zupełnie skończyły się nagminne dotąd kradzieże, kiedy proboszcz zagroził swoim parafianom, że przestanie udzielać im sakramentów, w wypadku kiedy kradzieże nie ustaną. Prus zachęcał też do praktyki codziennego rachunku sumienia, który odgrywa ważną rolę w formacji religijno-moralnej. „Człowiek roztropny - pisał - co wieczór dokonywa rachunku sumienia”.
W kwestii modlitwy powoływał się na dość wąskie, acz przychylne samej praktyce pojmowanie modlitwy przez amerykańskiego filozofa i psychologa Williama Jamesa (1842-1910): modlitwa wywiera korzystny wpływ na człowieka, ponieważ jest źródłem sił duchowych. Uważał, że rodzice, którzy nie uczą dzieci modlitwy, popełniają wielki błąd wychowawczy, który zaowocuje deprawacją młodych ludzi. „Nieszczęśliwa jestem - mówiła cicho [jedna z matek z jego powieści] - najnieszczęśliwsza z matek, bo nawet nie nauczyłam was [dzieci] modlić się... Tamten [syn] nie wierzy w nic, drwi... ty [córka] wątpisz, czy Bóg usłyszy modlitwę, a ja... nawet nie umiem cię przekonać... Zaczyna się dla mnie dzień sądu z wami i ze wszystkim”.
Prus polemizował z poglądami wyrażanymi m. in. przez A. Świętochowskigo, jakoby modlitwa powinna być zastąpiona pracą.
Jego zdaniem, modlitwa daje człowiekowi wewnętrzne wyciszenie, pozwala mu przetrwać trudne okresy, a czasem pomóc w pojednaniu się z innymi, pomaga mu w przemianie wewnętrznej i podjęciu ważnych, życiowych decyzji. Uważał, że ludzie, którzy się nie modlą, przeżywają wewnętrzne załamania. W pismach Prusa znajduje się wiele inspiracji do modlitwy w różnych okolicznościach życia, np. przed podróżą. Znajdujemy też gotowe formularze modlitw, np. przed i po jedzeniu, rano i wieczorem.
W Faraonie bardzo sugestywnie i plastycznie ukazał większą „skuteczność” modlitwy dziękczynnej, odmawianej w dodatku przez dziecko, w porównaniu z modlitwą błagalną, a to z tego powodu, że intencje modlitw błagalnych zanoszone przez różnych ludzi nieraz się wzajemnie wykluczają, np. rolnik modli się o potrzebny deszcz, a w tym samym czasie wczasowicz modli się o słoneczną pogodę, zawodnicy przeciwnych drużyn sportowych modlą się o zwycięstwo, dlatego ich modlitwa nawet nie dociera do Pana Boga. Natomiast bezinteresowna modlitwa dziękczynna bez żadnych przeszkód trafia przed Boży tron i jest źródłem wielu łask dla człowieka modlącego się.
Prus wypowiadał się również na temat świętowania dni świętych. Jako utylitarysta, z jednej strony uważał, że jest za dużo świąt wciągu roku, co źle wpływa na rozwój gospodarczy, a z drugiej, że odpoczynek jest niezbędny dla prawidłowego funkcjonowania człowieka. Zmuszanie do pracy w niedzielę uznał za niezgodne z katechizmem, a więc za niemoralne. Pracodawców pouczał: „Nie obejdzie się to zapewne bez drobnych strat pieniężnych, lżej się one jednak przeniosą, gdy pomyślimy, że zyski płynące z gwałcenia świąt są nieprawymi, ponieważ dzięki im bliźni nasi martwieją i dziczeją”.
Zachęcał też do właściwego przeżywania okresów liturgicznych, np. Adwentu i Wielkiego Postu. Zwłaszcza ten ostatni powinien być czasem pokuty i głębszej refleksji. Zwracał też uwagę na religijne przeżywanie Świąt Wielkanocnych. Natomiast Święta Bożego Narodzenia, zwłaszcza Wigilia, jest stosownym czasem do wzajemnego pojednania się ludzi skłóconych i wybaczania sobie win. Widząc niechęć inteligencji do śpiewu kolęd, zachęcał ją do kultywowania narodowych tradycji. Był przekonany, że „wigilia (...) jest to taki dzień, w którym każda przysługa wyrządzona zakłopotanemu bliźniemu stokrotną przynosi uciechę”, zachęcał do pamięci tego wieczoru o ludziach samotnych i pomocy innym, przebaczenia urazów małżeńskich, by spełniły się słowa Pisma Świętego o pokoju i szczęściu dla ludzi dobrej woli.
Dokładne zapoznanie się z twórczością Prusa wskazuje na wskroś religijny charakter jego twórczości. Jego przemyślenia na temat religii i religijności nic nie straciły ze swej aktualności. Jako człowiek wiary, starał się tę wiarę przekazywać innym, co zawarł w ostatniej opublikowanej tuż przed śmiercią myśli, która brzmi jak testament: „Nigdy nie oddałem narodowi większej usługi, jak kiedy mówię mu: pamiętaj, że jest Bóg i że musisz Go naśladować pod karą śmierci i wiecznego potępienia”.