Najważniejszym elementem programu ideowego chóru kolegiaty była tumba nagrobna księcia Henryka IV. Stała ona w kościele górnym do 1944 r. Na ścianie obok wisiały: proporzec, tarcza księcia i drewniana tablica epitafijna z połowy XIV w. z opisem jego zwycięstw, śmierci i fundacji. Na zewnątrz, wysoko na południowej elewacji, umieszczono herb książęcy - wykonanego z miedzi śląskiego orła. Proporzec i tarcza zginęły w czasie wojny 30-letniej, tablica jest w Muzeum Archidiecezjalnym we Wrocławiu, zaś sarkofag wywieziono podczas oblężenia Festug Breslau z obawy przed zniszczeniem. Odnaleziono go w Wierzbnej koło Świdnicy, ale był pusty. Szczątki księcia spłonęły podczas walk o Wrocław w 1945 r. w Zakładzie Antropologii Uniwersytetu Wrocławskiego. Niemieccy naukowcy badali je, chcąc udowodnić germańskość Piasta. Sarkofag prezentowany jest w Muzeum Narodowym we Wrocławiu. Pokryty patyną czasu orzeł książęcy na elewacji kolegiaty jest przestrzelony - to „pamiątka” z czasów krwawych walk o Wrocław w 1945 r. Ma 1,20 metra wysokości.

Tron Łaski księcia pana

Wewnątrz kolegiaty, nad portalem północnym, zachował się datowany na 1350 r. wspaniały tympanon fundacyjny. Przedstawia fundatora, ks. Henryka IV, trzymającego w ręku model kolegiaty świętokrzyskiej. Towarzyszy mu żona Matylda Brandenburska. Oboje adorują Tron Łaski. Pośrodku Bóg Ojciec prezentuje krzyż w formie drzewa życia z rozpostartym na nim Chrystusem i unoszącą się powyżej gołębicą - symbolem Ducha Świętego. Temat ten, związany z pochówkami, prezentowano m.in. na epitafiach w pobliżu grobów i na cmentarzach. Symbolizował wstawiennictwo Chrystusa. Tympanon fundacyjny jest więc w tym przypadku rodzajem epitafium.
W surowym wnętrzu kościoła górnego nie sposób nie zwrócić uwagi na późnogotyckie, renesansowe i barokowe płyty nagrobne kanoników. Epitafium kanonika Erasmusa Ramiedy (1602--63 r.), wmurowane na drugiej kolumnie patrząc od strony wejścia głównego, przepełnione jest symbolicznymi treściami: jedna ręka wyłaniająca się z obłoków trzyma klepsydrę z przesypującym się piaskiem (aluzja do upływającego czasu), a druga zrywa jabłko z nachylonego do ziemi drzewa, którego pień ścina wyłaniający się z obłoku kościotrup.
Tuż pod organami, czyli przy ścianie zachodniej nawy, są trzy płyty nagrobne. Pierwsza z lewej przedstawia kanonika Bogurskiego, z prawej widać płytę kanonika Balthasara Nechera (zm. 1538) - doktora prawa, zaś środkowa upamiętnia kanonika Nikolausa Haugwicz von Krancz (zm. 18 lutego 1511), którą ufundował jego brat Wincenty, a wykonał działający w latach 1510-11 tzw. Mistrz Nagrobków Kanoników. Zgodnie z kanonami sztuki renesansowej, powinna przedstawiać ona w pełni postać zmarłego, a tymczasem pokazano tylko twarz i ręce. Postać zmarłego, który trzyma w ręce rulon, wkomponowano w baldachim z konarów i otoczono bordiurą. Żeby zobaczyć inną płytę wykonaną przez Mistrza Nagrobków Kanoników, trzeba wyjść na zewnątrz kościoła - wmurowano ją w mur obok portalu kościoła dolnego. Niestety, jest mocno zatarta.

Kanonik w arkadzie

Kolejny, wspaniały, renesansowy pomnik nagrobny, zachował się wewnątrz kościoła górnego na ścianie wschodniej transeptu południowego. Upamiętnia kanonika Stanislausa Sauera (zm. 1535), przedstawionego portretowo w arkadzie, z herbem kapituły oraz ukazanymi na sposób antyczny głowami: Aleksandra Wielkiego, cesarza Augusta i króla Macieja Korwina (Matthias ReX Hngariae). Obudowa jest biała, natomiast środkowa część reliefowa z czerwonego marmuru salzburskiego.
Witraże wykonano współcześnie, w latach 1989-90. Wcześniejsze, z lat 1857-68, fundacji hrabiego Hoverden-Plencken, nie przetrwały Festung Breslau. Profilowany portal w północnej ścianie chóru prowadzi do zakrystii, w której zachowały się lavabo i późnogotyckie sakramentarium (czwarta ćwierć XV w.) w formie niszy, zwieńczone tympanonem z reliefem przedstawiającym Ukrzyżowanie.
Przechowywany dawniej w zakrystii barokowy „relikwiarz” z korzeniem znalezionym - jak głosi tradycja - podczas budowy fundamentów pod kolegiatę, prezentowany jest we wrocławskim Muzeum Archidiecezjalnym.
W zakrystii jest przejście do kapitularza, czyli miejsca spotkań kapituły. Ma on nieregularny kształt, gdyż „wykrojono” go wtórnie (XV wiek) z wolnej przestrzeni pomiędzy zakrystią, a transeptem.
Zarówno do dolnego, jak i górnego kościoła prowadzą z obu stron kolegiaty schody. Do kościoła górnego - 24 stopnie, do dolnego - 17. Na ścianie chóru wschodniego od zewnątrz (praktycznie na przeciwko Domu im. Jana Pawła II) widnieje płyta nagrobna Sifrida Greifensteina (zm. 1324), z zarysowaną postacią i napisem (w tłumaczeniu): „Zbawicielu Dobry, Ty pozwoliłeś Greifenstein Sifridowi złożyć swe ciało w tym miejscu na wieczny spoczynek i udzieliłeś jego duchowi wiecznego pokoju”.
Jeśli cofniemy się na stronę południową kolegiaty, zobaczymy wmurowaną w ścianę kolejną płytę nagrobną. Upamiętnia ona Antoniusa Rachamera, wikariusza w kolegiacie świętokrzyskiej i katedrze wrocławskiej. Na płycie czytamy: „Antonius Rachamer Ambarum Ecclesiarum Wrat (islaviae) Vicarius. Requiescat in pace. 1536”.

Kościół dolny

Kruchta, prowadząca do wnętrza od południa, powstała w drugiej połowie XIV w. Wbudowano ją pomiędzy skarpy. Przykryta jest sklepieniem sieciowym na konsolach. Uwagę przykuwa tutaj głównie relief zwornikowy, przedstawiający popiersie św. Jadwigi, patronki Śląska, prababki fundatora kolegiaty. Relief, będący wspaniałym przykładem rzeźby środkowouropejskiej, porównywany jest z najlepszymi dziełami tej epoki, m.in. tzw. Pięknymi Madonnami. Św. Jadwigę przedstawiono niezwykle ekspresyjnie: mocno wygiętą, z gracją trzymającą model kościoła i przedmiot przypominający różaniec.
We wnętrzu kościoła zastosowano sklepienia krzyżowo-żebrowe, wsparte na przysadzistych, kwadratowych filarach. Jak się przypuszcza, zespół pięciu zworników heraldycznych w transepcie związanych jest z aktem fundacyjnym. I tak, od południa ku północy widzimy herby: Judyty Mazowieckiej, matki Henryka IV (orzeł bez przepaski i korony), księcia
Bolesława Wstydliwego (orzeł w koronie), trzeci herb już nie istnieje, ale znamy go z opisu. Przedstawiał orła bez przepaski i korony (zapewne cesarski), jest też herb króla czeskiego Przemysła Ottokara II, na dworze którego wychowywał się Henryk IV (tarcza uszkodzona, przedstawiająca lwa w koronie wspiętego w prawo z przewiązanym i rozdwojonym ogonem), księcia Władysława arcybiskupa salzburskiego oraz księcia Henryka III Białego, który był ojcem księcia Henryka IV (orzeł z przepaską na piersi i skrzydłach).
Z dawnego wyposażenia kościoła dolnego w południowej stronie transeptu zachowało się wybitne dzieło renesansu - ołtarz przedstawiający Ukrzyżowanie.
Wielką wartość historyczną mają też dwie płyty nagrobne z piaskowca, leżące na posadzce w zachodnim krańcu nawy północnej.
Upamiętniają postacie dwóch biskupów: Nankera i Stefana. Nanker, współbudowniczy m.in. kolegiaty świętokrzyskiej, był wymagający, odważny i znany z propolskiego nastawienia. Gdy Jan Luksemburczyk zajął zamek biskupi w Miliczu, nie bacząc na królewski majestat i konsekwencje, jakie mogły go za to spotkać, rzucił na władcę klątwę. Nankera pochowano w katedrze wrocławskiej. Zmarł w wyniku przeziębienia, którego nabawił się obchodząc boso w Wielki Piątek nyskie kościoły. Nagrobek przeniesiono do kościoła św. Bartłomieja w 1908. Czytamy na nim słowa, które z łaciny można tłumaczyć tak: „Nanker biskup uprawniony/ I w Krakowie wyświęcony, /Do Wrocławia przeniesiony/ Umarł roku tysięcznego/ Trzysta czterdzieści pierwsze go /W samo święto Wielkiejnocy./ Niech go Bóg w raju ma w swej mocy” (tłum. prof. Józef Mitkowski).
„Na banicję” do krypty św. Bartłomieja skazano też płytę nagrobną bp. lubuskiego Stefana, który podobnie jak Nanker był zwolennikiem łączności z Polską. Sprzeciwił się polityce cesarskiej, za co w 1339 r. wygnał go ze swej diecezji margraf brandenburski, syn Ludwika bawarskiego, prowadzący z papieżem otwartą wojnę. Bp Stefan pozbawiony swej diecezji rezydował odtąd we Wrocławiu jako sufragan. Zmarł 25 lutego 1345 r.
Przed II wojną św. kościół dolny chlubił się ołtarzem głównym. W prezbiterium stało sześć naturalnej wielkości barokowych figur. Centralne miejsce zajmował krucyfiks.