Parafia mościska powstała w 1400 r. Początkowo należała do dekanaty przemyskiego, ale w roku 1641 został utworzony osobny rozległy dekanat mościski, do którego włączono sąsiednie parafie (ogółem 15).
W 1498 r. w czasie najazdu turecko-wołoskiego drewniany kościół w Mościskach został doszczętnie spalony. Następny, również drewniany, przetrwał do przełomu XVII w., kiedy to miejscowy proboszcz tej parafii ks. Bartłomiej z Rohatyna, rozpoczął budowę murowanej świątyni. Została ona dedykowana św. Janowi Chrzcicielowi, natomiast konsekrowana została przez biskupa przemyskiego Macieja Pstrokońskiego w 1604 r. Prace budowlane ukończono w 1606 r., o czym świadczy data umieszczona na sklepieniu nawy głównej, nad organami. W czasie powstania Chmielnickiego w 1648 r. kościół został zrabowany i spalony przez Kozaków. Skutki zniszczeń widoczne były jeszcze do 1772 r.
W roku 1904 proboszcz ks. Alfred Białogłowski przeprowadził odnowienie kościoła. Wzniesiono nową plebanię, odbudowano wielki ołtarz, oczyszczono cztery ołtarze boczne i ambonę, naprawiono organy, wykonano kamienne ogrodzenie wokół kościoła, otynkowano front plebanii. W czerwcu 1915 r. w czasie walk w rejonie Mościsk, kościół został uszkodzony. W roku 1916 władze austriackie zarekwirowały cztery dzwony, pozostawiając sygnaturkę. W latach 1925-1958, w czasach prześladowania Kościoła, proboszczem w Mościskach był ks. kan. Andrzej Skrobacz (dziekan), do 1967 r. - ks. Edward Saletnik. Po jego śmierci dojeżdżał z Sambora z posługą kapłańską ks. Kazimierz Mączyński.
Od 1983 r. proboszczem parafii mościskiej jest ks. Józef Legowicz. W pracy duszpasterskiej pomaga mu o. Władysław Ziober - redemptorysta. W roku 1989 do parafii przyjechały też Siostry Honoratki. Po sześćdziesięciu latach przerwy, w 1990 r. w parafii odbyły się misje. Renowacje misji odbyły się w 2000 r. W styczniu 2004 r. kościół św. Jana Chrzciciela w Mościskach będzie obchodził 400-lecie istnienia.
W imieniu redakcji Tygodnika Katolickiego Niedziela ślemy serdeczne pozdrowienia - szczęść Boże dla proboszcza ks. Józefa Legowicza oraz parafian Mościsk.