Przy ul. Rakowieckiej jezuici pojawili się w 1935 r. Z fundacji Piusa XI otwarto tu Dom Pisarzy Towarzystwa Jezusowego. Miał to być ośrodek pracy intelektualnej oraz apostolatu przez słowo drukowane. Powstało wydawnictwo, drukarnia, biblioteka. Wydawano książki i czasopisma, m.in. Przegląd Powszechny, Wiara i Życie. Po wojnie pracę edytorską zawieszono ze względu na represje komunistyczne. Dopiero po powstaniu "Solidarności" zaczął ponownie wychodzić Przegląd Powszechny, a później uruchomiono też Oficynę Wydawniczą Przeglądu Powszechnego.
Równolegle z działalnością edytorską prowadzono posługę apostolską w kaplicy umieszczonej na parterze Domu Pisarzy. To tu właśnie 2 sierpnia 1944 r. Niemcy okrutnie zamordowali ponad 40 osób, w tym 17 jezuitów. Szczątki ofiar tego mordu pochowano w zbiorowej mogile w miejscu zbrodni, gdzie później utworzono kaplicę - kryptę. Można więc powiedzieć, że parafia św. Andrzeja Boboli zrodziła się z krwi męczenników. Oficjalnie parafię powołano do życia 1 stycznia 1953 r. Jednak jej zalążki istniały już znacznie wcześniej - od momentu umieszczenia w kaplicy domu zakonnego 20 czerwca 1938 r. przewiezionych z Rzymu relikwii św. Andrzeja Boboli. Dziś relikwie spoczywają w małej trumience pod ołtarzem w Sanktuarium.
Niedługo po erygowaniu parafii podjęto starania o zezwolenie na budowę kościoła. Dopiero w 1980 r. władze komunistyczne udzieliły koniecznego zezwolenia. 13 czerwca kard. Wyszyński poświęcił plac pod budowę świątyni, a 15 października Jan Paweł II w Rzymie poświęcił kamień węgielny. Kamień ten pochodzi z Janowa Poleskiego, miejsca męczeńskiej śmierci św. Andrzeja Boboli. Budowę świątyni ukończono w 1988 r.
Przy parafii działa ponad 30 (!) organizacji, ruchów i grup parafialnych: Duszpasterstwo Akademickie, duszpasterstwo w szpitalach, duszpasterstwo francuskojęzyczne, Zespół Charytatywny "Wzajemna Pomoc", Zespół ds. Promocji Kultury, Parafialna Rada Duszpasterska, Stowarzyszenie Krzewienia Kultu św. Andrzeja Boboli, Grupa Formacyjna "Nasza Parafia", Grupa Odnowy w Duchu Świętym "Maria", duszpasterstwo związków niesakramentalnych, Wspólnota Słowa - Spotkania z Biblią prowadzone przez prof. Annę Świderkównę, Apostolstwo Modlitwy, Grupa Modlitwy Kontemplacyjnej, Ruch Rodzin Nazaretańskich, Żywy Różaniec, Ruch Wiara i Światło, Wspólnota Młodzieżowa "Manresa" oraz Ruch Anonimowych Alkoholików. O każdej z tych wspólnot można by napisać oddzielny, długi artykuł.
Równolegle z jubileuszem parafii swój mały jubileusz przeżywa również zespół redagujący parafialne pismo Sanktuarium św. Andrzeja Boboli. Wchodzi ono już w 15. rok istnienia. Powstało w 1989 r. z inicjatywy o. Felicjana Paciuszkiewicza, ówczesnego proboszcza, który był pierwszym redaktorem naczelnym. Głównym programem pisma jest formacja, ewangelizacja oraz integracja wspólnoty parafialnej. Każdy numer pisma jest związany z okresem liturgicznym roku kościelnego. Wiele miejsca redakcja poświęca oczywiście św. Andrzejowi Boboli.
Czytelnik znajdzie również stałe cykle dotyczące Mszy św., ignacjańskiej szkoły modlitwy oraz odpowiedzi duszpasterza. Pojawiają się również cykle: Męczennicy XX w. i Świadkowie wiary naszych czasów. Wiele miejsca redakcja poświęca działalności duszpasterskiej, przedstawiając programy i sprawozdania z działalności parafii, duszpasterstwa specjalistyczne, ruchy i grupy parafialne. Ważne miejsca w piśmie zajmują także wywiady, recenzje i propozycje kulturalne.
Koncelebrowanej Mszy św. dziękczynnej za 50 lat istnienia parafii przewodniczył kard. Glemp. W homilii przypomniał, że początki parafii św. Andrzeja Boboli przypadły na bardzo trudne lata totalitaryzmu i stalinizmu. - Wówczas Prymas Tysiąclecia kard. Stefan Wyszyński, przeczuwając chyba swoje uwięzienie, bardzo się starał, aby powstawało jak najwięcej parafii przy zakonach, klasztorach, cmentarzach. Dzięki temu pojawiło się wiele wspólnot parafialnych, przenikniętych modlitwą, sakramentami i wzajemnym uczeniem się ewangelicznej miłości - podkreślał kard. Glemp.
- To dzień wielkiej radości i wdzięczności za to wszystko, co Bóg uczynił za wstawiennictwem św. Andrzeja Boboli na przestrzeni 50 lat istnienia naszej wspólnoty parafialnej - mówił na początku uroczystości jubileuszowych proboszcz parafii o. Janusz Warzocha SJ.
Powitał także przybyłych gości: Prymasa Polski kard. Józefa Glempa, dziekana dekanatu mokotowskiego ks. prałata Józefa Hassa, prowincjała warszawskich jezuitów o. Andrzeja Koprowskiego SJ oraz byłych proboszczów mokotowskiej parafii, o. Feliksa Dziadczyka SJ, o. Mirosława Paciuszkiewicza SJ i o. Tadeusza Filasa SJ. Na uroczystość przybyli również przedstawiciele szkół istniejących na terenie parafii oraz oczywiście liczne grono parafian.