Przed Mszą św. kanonizacyjną wierni zebrani na Placu św. Piotra odmówili w języku włoskim Koronkę do Miłosierdzia Bożego. Poszczególne części Koronki połączone były z fragmentami homilii Jana Pawła II z kanonizacji s. Faustyny Kowalskiej, z których pierwszy odczytano po polsku, a także z fragmentami przemówień bł. Jana XXIII o miłosierdziu Bożym.

Po odśpiewaniu Litanii do Wszystkich Świętych prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych kard. Angelo Amato oraz postulatorzy: ks. prał. Sławomir Oder, odpowiedzialny za proces kanonizacyjny Jana Pawła II, oraz o. Giovangiuseppe Califano OFM, odpowiedzialny za proces Jana XXIII, podeszli do papieża Franciszka i poprosili o kanonizację. Prośby zostały powtórzone trzykrotnie. Trzecią poprzedzono śpiewem hymnu do Ducha Świętego – „Veni Creator Spiritus”. Ojciec Święty Franciszek wygłosił formułę kanonizacyjną, brzmiącą: „Na chwałę Świętej i Nierozdzielnej Trójcy, dla wywyższenia katolickiej wiary i wzrostu chrześcijańskiego życia, na mocy władzy naszego Pana Jezusa Chrystusa i Świętych Apostołów Piotra i Pawła, a także naszej, po uprzednim dojrzałym namyśle, po licznych modlitwach i za radą wielu naszych Braci w biskupstwie orzekamy i stwierdzamy, że błogosławieni Jan XXIII i Jan Paweł II są świętymi, i wpisujemy ich do katalogu świętych, polecając, aby odbierali oni cześć jako święci w całym Kościele”. Po tych słowach rozległy się brawa.

Następnie na ołtarz wniesiono relikwie obydwu świętych. Relikwie św. Jana XXIII przynieśli członkowie jego rodziny. Natomiast relikwie krwi św. Jana Pawła II niosła Floribeth Mora Díaz z Kostaryki, której uzdrowienie z tętniaka mózgu zostało uznane za cud za wstawiennictwem Jana Pawła II. W procesji z relikwiami nowych świętych wzięła udział Julka Lipińska, dziewczynka z Polski, która trzymała kwiaty. Kolejny polski akcent był podczas Liturgii Słowa – drugie czytanie miał Polak z Krakowa.

W homilii papież Franciszek przypomniał, że obaj Papieże realizowali w Kościele niezwykle istotne misje. Dziełem pontyfikatu Jana XXIII był Sobór Watykański II. Zwrócił uwagę, że Jan XXIII okazał posłuszeństwo Duchowi Świętemu, któremu dał się prowadzić. Był dla Kościoła pasterzem, przewodnikiem, który sam był prowadzony. Nazwał go papieżem posłuszeństwa Duchowi Świętemu. Jana Pawła II natomiast nazwał papieżem rodziny, podkreślając, że on sam chciał być tak właśnie zapamiętany.

Papież Franciszek wyraził nadzieję, że obaj święci papieże duchowo towarzyszą toczącemu się procesowi synodalnemu dotyczącemu rodziny i wspierają go. (Tekst homilii drukujemy w całości.)

Wezwania Modlitwy wiernych wypowiedziano w pięciu językach: hiszpańskim, arabskim, angielskim, chińskim i francuskim. Modlono się o pokój i ustanie nienawiści na świecie, za grzeszników i błądzących, w obronie życia oraz za ludzi kultury, nauki i rządzących. Po francusku modlitwę odczytała s. Marie Simon-Pierre Normand, uzdrowiona za wstawiennictwem Jana Pawła II z choroby Parkinsona. Ten cud przyczynił się do jego beatyfikacji.

Podczas Mszy św. kanonizacyjnej wśród koncelebransów był papież senior Benedykt XVI. Eucharystię sprawowało ok. 150 kardynałów, 1000 biskupów i 6000 księży. Benedykt XVI dyskretnie przybył na Plac św. Piotra na pół godziny przed rozpoczęciem uroczystości. Papież Franciszek bardzo serdecznie go pozdrowił. Benedykt XVI przywitał się również z s. Tobianą Sobotką, przełożoną sióstr sercanek, które należały do watykańskiej rodziny Papieża Polaka.

Bardzo spontanicznie, burzą oklasków, zgromadzeni przyjęli kolejny serdeczny uścisk papieży Franciszka i Benedykta XVI na koniec uroczystości. Była to wyjątkowa sytuacja, bowiem Papież senior, tak jak zapowiedział, żyje i modli się w ukryciu.

Na frontonie Bazyliki św. Piotra podczas uroczystości widniały portrety świętych papieży. Wizerunek Jana Pawła II przygotowano na podstawie fotografii wykonanej przez współpracującego z „Niedzielą” polskiego fotoreportera Grzegorza Gałązkę – wizerunek ten w 2011 r. był portretem beatyfikacyjnym. Portret kanonizacyjny Jana XXIII dostosowano graficznie do portretu Jana Pawła II.

W uroczystości uczestniczyło ok. 800 tys. wiernych, wśród nich były 93 oficjalne delegacje państwowe z 24 głowami państw. Ołtarz kanonizacyjny został ozdobiony przywiezionymi z Ekwadoru 30 tys. róż w kolorze białym, żółtym, pomarańczowym i czerwonym Za pośrednictwem mediów kanonizację śledziło ok. 2 mld ludzi na całym świecie. Uroczystość zakończyła się długim przejazdem Papieża pomiędzy sektorami wiernych, którzy wznosili na jego cześć okrzyki: „Viva il Papa!” – Niech żyje Papież!