Zdaniem historyka Kościoła Andreasa Holzema, działo się tak dlatego, że „biskupi byli przekonani, iż chrześcijanin powinien być posłuszny prawowitej władzy”. Mniej modlili się o zwycięstwo, a bardziej o pokój korzystny dla Niemiec, przypominając jednocześnie o karze na sądzie Bożym. Wojna była interpretowana teologicznie, a w tym świetle żołnierz katolicki nie walczył dla Hitlera, lecz w imię chrześcijańskiego Zachodu.

Mimo iż siejąca spustoszenie wojna i zagłada ludności odsunęły w cień wszystko, co się dotychczas na ten temat mówiło, biskupi myśleli jeszcze w starych kategoriach wojny sprawiedliwej i wierności władzy ustanowionej przez Boga. Nie myśleli, aby Kościół mógł potępić wojnę. Tak więc katolicy, którzy odmawiali służby z bronią u nogi, byli pozostawieni samym sobie.

Jedynie nieliczne, zdawkowe wypowiedzi biskupów pojawiały się wobec terroru w katolickiej Polsce. Te zbrodnie były dla nich tylko zapowiedzią tego, co mogłoby spotkać niemieckich katolików. Dlatego zwłaszcza przewodniczący niemieckiego episkopatu, kard. Adolf Bertram nie chciał ryzykować konfrontacji.

Z powszechną akceptacją spotkał się atak na Związek Radziecki. Ówczesny biskup Münster, Clemens August von Galen mówił o walce z bezbożnym bolszewizmem. Arcybiskup Paderbornu, Lorenz Jäger, określał Rosję jako „arenę ludzi, których nienawiść do chrześcijaństwa sprowadziła ich niemal do zezwierzęcenia”. Mimo to historyk Andreas Holzem nie postrzegał ogólnego nastroju wyprawy krzyżowej. Dla wielu katolików bowiem zarówno komunizm, jak i narodowy socjalizm były takimi samymi symbolami rozpadu świata, który odszedł od Boga.

Wraz z wojną zaostrzył się też terror nazistowski wobec własnej ludności, podkreśla KNA. „Pełna mobilizacja, przemoc nie znająca granic i wielkie zbrodnie państwa, stanowiły wielkie wyzwanie dla Kościoła” - cytuje niemiecka agencja opinię Karla-Josepha Hummela, dyrektora zbliżonego do Kościoła ośrodka badawczego Komisji historii Współczesnej w Bonn. Jego zdaniem, najpóźniej po ogłoszeniu w marcu 1937 r. przez Piusa XI encykliki „Mit brennender Sorge” (Z palącą troską), która dotyczyła sytuacji Kościoła w III Rzeszy i krytykowała teologiczne aspekty polityki prowadzonej przez hitlerowskie Niemcy, było jasne, że państwo hitlerowskie nie jest akceptowane przez Kościół. Tak więc w czasie wojny katolicy znaleźli się między młotem a kowadłem: jako Niemcy wierzyli w zwycięstwo, ale jednocześnie musieli się obawiać, że naziści rozpoczną także porachunki z Kościołem.

Głównym autorem tej bardzo odważnej encykliki był ówczesny arcybiskup Monachium i Fryzyngi, kard. Michael Faulhaber, a wśród osób przygotowujących tekst encykliki wymieniało się również bp. von Galena, jednego z czołowych ludzi Kościoła katolickiego w Niemczech przeciwstawiającego się systemowi nazistowskiemu.

Również naziści reprezentowali różne, sprzeczne z sobą strategie. Podczas gdy Adolf Hitler z powodów taktycznych opowiadał się za „rozejmem” z Kościołem, inni zaostrzali represje np. przeciwko zakonom, nabożeństwom i świętom chrześcijańskim.

„Chcąc nie chcąc, Kościoły były częścią społeczeństwa czasu wojny” - twierdzi historyk Christoph Kösters z Komisji Historii Współczesnej. Przypomina on, że w 1943 r. około 3400 obiektów kościelnych służyło celom wojennym, a dwie trzecie sióstr zakonnych pełniło funkcje ważne dla państwa, pracując przede wszystkim jako pielęgniarki. Do stabilizacji społeczeństwa przyczyniał się Kościół poprzez np. bicie w dzwony po zwycięstwach nad Polską i Francją, czy też przez pracę duszpasterską 650 kapelanów wojskowych.

Z drugiej strony sami katolicy okazywali dystans i stawiali opór, czego dowodem jest fakt, że w latach 1933-1945 w niemieckich obozach koncentracyjnych znalazło się ponad 400 księży, z których 107 zmarło na skutek warunków, a na kolejnych 63 wykonano wyroki śmierci. Przeciwko zagładzie osób, których „życie niewarte było życia” protestował publicznie w 1941 r. bp Galen. Natomiast biskupi milczeli na temat zagłady ludności żydowskiej. Potępiali ją tylko pośrednio, choćby w „liście pasterskim o prawach człowieka” z marca 1942 r. Pojedynczy chrześcijanie, którzy pomagali prześladowanym, bądź planowali przewrót, ryzykowali wywózką do obozów koncentracyjnych, lub - tak jak błogosławiony męczennik, ks. Bernard Lichtenberg, proboszcz berlińskiej katedry św. Jadwigi - płacili życiem.

Hitlerowcy aresztowali ks. Lichtenberga, ponieważ modlił się „za uwięzionych Żydów” i inne ofiary reżimu nazistowskiego. Wieczorem 9 listopada 1938 r., gdy w całych Niemczech płonęły synagogi, kazanie podczas Mszy św. proboszcz katedry rozpoczął od słów: „Wiemy o tym, co się zdarzyło wczoraj. Nie wiemy, co będzie jutro. Ale wszyscy wiemy o tym, co się stało dzisiaj: obok pali się synagoga; przecież to też jest dom Boży...”. Od tej pory w katedrze, oddalonej zaledwie kilometr od kancelarii Rzeszy, każdego wieczoru modlił się publicznie, donośnym głosem, za prześladowanych Żydów.

„Sługa Boży Bernard Lichtenberg - więzień w Panu” - tak ówczesny proboszcz katedry św. Jadwigi w Berlinie podpisał swój ostatni list z zakładu karnego w Tegel na przedmieściach stolicy III Rzeszy. Zmarł 5 listopada 1943 r. podczas transportu do obozu koncentracyjnego w Dachau. 23 czerwca 1996 r., podczas wizyty w Berlinie, Jan Paweł II ogłosił go błogosławionym. W 2004 r. Instytut Pamięci Jad Waszem w Jerozolimie wpisał mężnego kapłana na listę Sprawiedliwych wśród Narodów Świata.